1999年9月16日，国务院批准（国函[1999]113号）同意撤销青浦县，设立青浦区，以原青浦县的行政区域为青浦区的行政区域。区人民政府驻青浦镇。
2000年，青浦区辖20个镇。根据第五次人口普查数据：全区总人口595863人。其中：赵巷镇43591人、徐泾镇49816人、华新镇29111人、风溪镇26784人、重固镇23838人、白鹤镇34018人、赵屯镇21989人、大盈镇15662人、香花桥镇14597人、环城镇26252人、朱家角镇43546人、沈巷镇24275人、小蒸镇12453人、蒸淀镇16068人、练塘镇28193人、莲盛镇14120人、西岑镇11844人、金泽镇14248人、商榻镇26263人、青浦镇90504人、青浦工业园区虚拟镇28691人。
2000年，撤销练塘镇、小蒸镇、蒸淀镇，设立新的练塘镇；撤销朱家角镇、沈巷镇，设立新的朱家角镇；撤销华新镇、凤溪镇，设立新的华新镇；撤销重固镇、香花桥镇，设立新的重固镇；撤销赵屯镇、大盈镇，设立新的赵屯镇；撤销西岑镇、莲盛镇，设立新的西岑镇；撤销青浦镇、环城镇，设立新的青浦镇。调整后，青浦区辖12个镇：青浦镇、朱家角镇、练塘镇、赵巷镇、徐泾镇、华新镇、重固镇、白鹤镇、赵屯镇、西岑镇、金泽镇、商榻镇。
2001年6月29日，对上海国际汽车城建设中涉及的青浦区白鹤镇部分区域，即西元村、吴赵村、龚闵村、陈岳村下水浜队、塘湾村杜家村队（共三村两队约5.4平方千米），实行整建制调整，划入嘉定区安亭镇范围。
2002年底，青浦区辖12个镇和市级青浦工业园区，75个居委会、185个村委会。
2003年底，青浦区辖12个镇，56个居委会、185个村委会，人口45.83万人。总面积675.54平方千米，水面积112.46平方千米，湖泊总面积59.32平方千米。
2004年10月27日，青浦区人民政府《关于部分镇、街道行政区划调整的通知》（青府发[2004]174号）：
一、撤销白鹤镇、赵屯镇建制，设立新的白鹤镇，其行政区域范围在原白鹤镇、赵屯镇的行政区域范围。新的白鹤镇政府设在原白鹤镇政府所在地（外青松公路2723弄69号）。
二、新设立香花桥街道办事处，其行政区域范围为：东至重固镇、赵巷镇；南至盈浦街道、夏阳街道、赵巷镇；西至白鹤镇、盈浦街道；北至白鹤镇。面积约65.84平方千米，总人口约8.28万。辖17个整建制村委会、3个整建制社区居委会、66个整建制村（居）民小组。香花桥街道办事处设在北青公路9078号。
三、新设立的香花桥街道的行政区域范围和人口是从原赵屯镇、白鹤镇、赵巷镇、重固镇、盈浦街道、夏阳街道等的行政区域范围和人口中划分出来的，因此，对涉及以上现有各镇和街道的行政区域范围、人口等，也作相应的调整。具体如下：
（1）白鹤镇行政区域范围为：东至重固镇、华新镇；南至香花桥街道、盈浦街道；西至江苏省昆山市淀山湖镇、石浦镇；北至江苏省昆山市花桥镇。面积约63.23平方千米，总人口约4.52万。辖25个村委会、3个社区居委会。
（2）赵巷镇行政区域范围为：东至徐泾镇；南至松江区泗泾镇、佘山镇；西至夏阳街道、香花桥街道；北至华新镇、重固镇。面积约36.35平方千米，总人口约2.07万。辖8个村委会、4个社区居委会。
（3）重固镇行政区域范围为：东至华新镇；南至赵巷镇；西至香花桥街道；北至白鹤镇。面积约27.31平方千米，总人口约1.72万。辖8个村委会、1个社区居委会。
（4）夏阳街道行政区域范围为：东至赵巷镇、香花桥街道；南至松江区佘山镇、天马山镇；西至朱家角镇、盈浦街道；北至香花桥街道。面积约34.22平方千米，总人口约4.65万。辖9个村委会、9个社区居委会。
（5）盈浦街道行政区域范围为：东和南至夏阳街道；西至朱家角镇、江苏省昆山市淀山湖镇，北至白鹤镇、香花桥街道。面积约16.22平方千米，总人口约4.8万。辖6个村委会、13个社区居委会。通过这次调整，青浦区在行政区划上，已形成一城（三个街道）八镇的格局。
2004年末，全区户籍人口45.6万人，总户数15万户，农业人口22.6万人，非农人口23万人。
2005年6月30日，青浦区政府《关于同意完善香花桥街道行政区划调整方案的批复》（青府发[2005]59号）：一、白鹤镇行政区划范围内原大盈镇的东斜村、金米村、爱星村、东方村等4个整建制村和太联村的1～10组10个村民小组划入香花桥街道。二、赵巷镇崧泽村第1、2、3、6、13、14村民小组；盈浦街道贺桥村第8、12、3、14村民小组，南厍村第1、2、3、4村民小组，天恩桥村第9、10、11、14村民小组；夏阳街道夏阳村第8村民小组，仓桥村第3村民小组等20个村民小组不划入香花桥街道。三、香花桥街道的行政区域范围为：东至重固镇、赵巷镇；南至盈浦街道、夏阳街道、赵巷镇；西至江苏省昆山市淀山湖镇、盈浦街道；北至白鹤镇、重固镇。面积约69.45平方千米，总人口约8.14万。四、完善香花桥街道的行政区调整方案后，由于涉及原赵巷镇、白鹤镇、盈浦街道、夏阳街道等的行政区域范围和人口的变化，因此，以上现有各镇和街道的行政区域范围、人口等，也作相应的调整。具体如下：（1）白鹤镇行政区域范围为：东至重固镇、华新镇；南至香花桥街道；西至江苏省昆山市淀山湖镇、石浦镇；北至江苏省昆山市花桥镇。面积约57.63平方千米，总人口约4.36万。（2）赵巷镇行政区域范围为：东至徐泾镇；南至松江区泗泾镇、佘山镇；西至夏阳街道、香花桥街道；北至华新镇、重固镇。面积约37.21平方千米，总人口约2.16万。（3）夏阳街道行政区域范围为：东至赵巷镇、香花桥街道；南至松江区佘山镇、天马山镇；西至朱家角镇、盈浦街道；北至香花桥街道。面积约34.55平方千米，总人口约4.68万。（5）盈浦街道行政区域范围为：东和南至夏阳街道；西至朱家角镇、江苏省昆山市淀山湖镇，北至香花桥街道。面积约17.11平方千米，总人口约4.98万。
截至2005年12月31日，青浦区辖3个街道、8个镇：夏阳街道、盈浦街道、香花桥街道、赵巷镇、徐泾镇、华新镇、重固镇、白鹤镇、朱家角镇、练塘镇、金泽镇。共61个居委会、184个村委会。www.xzqh.org
2007年末，全区户籍人口45.7万人，辖3个街道、8个镇，70个社区、184个行政村。.
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