1997年，面积586平方千米，人口55.5万。辖15镇1乡：朱泾镇、枫泾镇、兴塔镇、新农镇、松隐镇、亭林镇、朱行镇、漕泾镇、山阳镇、金山卫镇、张堰镇、钱圩镇、廊下镇、吕巷镇、干巷镇、朱泾乡。县政府驻朱泾镇。
2000年，撤销朱泾镇、朱泾乡，设立新的朱泾镇。
2000年第五次人口普查，全区总人口580377人。其中：石化街道92050人、松隐镇22992人、干巷镇25159人、吕巷镇25594人、廊下镇25037人、张堰镇31888人、钱圩镇18784人、金山卫镇36806人、兴塔镇24865人、新农镇23557人、枫泾镇39932人、亭林镇36914人、朱行镇28339人、漕泾镇30046人、山阳镇28395人、朱泾镇69835人、金山嘴工业区18634人、漕泾业区1550人。
2001年，撤销金山卫镇、钱圩镇，设立新的金山卫镇。
2002年底，金山区辖1个街道、14个镇，72个居委会、156个村委会。
2003年底，金山区辖1个街道、14个镇，59个居委会、156个村委会，人口52.71万人。
2004年6月30日，金山区辖1个街道、14个镇，47个居委会、145个村委会。2004年9月30日，金山区辖1个街道、14个镇，60个居委会、139个村委会：石化街道、朱泾镇、枫泾镇、兴塔镇、新农镇、松隐镇、亭林镇、朱行镇、漕泾镇、山阳镇、金山卫镇、张堰镇、廊下镇、吕巷镇、干巷镇。
2005年金山区调整部分行政区划，撤销枫泾镇、兴塔镇建制，设立新的枫泾镇；撤销朱泾镇、新农镇建制，设立新的朱泾镇；撤销亭林镇、松隐镇、朱行镇建制，设立新的亭林镇；撤销吕巷镇、干巷镇建制，设立新的吕巷镇。新的枫泾镇、朱泾镇、亭林镇和吕巷镇的驻地在原枫泾镇、朱泾镇、亭林镇和吕巷镇所在地。保留漕泾镇、山阳镇、金山卫镇、张堰镇、廊下镇和石化街道。朱行镇建制撤销后，金山区人民政府决定，金山工业区管委会对原朱行镇区域行使行政管理职能。
截至2005年12月31日，金山区辖1个街道、9个镇：石化街道、枫泾镇、朱泾镇、亭林镇、漕泾镇、山阳镇、金山卫镇、张堰镇、廊下镇、吕巷镇。共62个居委会、136个村委会。
2007年底，全区面积586.05平方千米，户籍人口52.1万人，辖1个街道、9个镇，77个社区、131个行政村。.
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