磁盘碎片整理是一个压缩的手动系统工具，它支持 FAT 16、FAT 32 和 NTFS(支持压缩和加密文件)。其中包括一个分析程序，用来说明磁盘碎片的程度。“分析显示”说明碎片整理之前的磁盘状况，而“碎片整理显示”表明磁盘整理后的情况。对于个人用户，“磁盘碎片整理程序”完全可以满足维护高水平磁盘性能作业的需要。
使用“磁盘碎片整理程序”
“磁盘碎片整理程序”简单易用的界面提供了两个磁盘管理选项： 分析和碎片整理。
“分析”是一个诊断工具，用来检查所选磁盘的状况，并显示是否需要进行磁盘碎片整理。下例中在使用了“分析”工具后，显示不必对卷 (C:) 进行碎片整理。如果需要对磁盘进行碎片整理，消息框就会显示相应信息，仅需按 "Defragment" 按钮，碎片整理过程就会自动开始。
运行“磁盘碎片整理程序”
以下步骤详细说明了使用“磁盘碎片整理程序”的过程：
1、单击“开始”，指向“附件”，“系统工具”并单击“磁盘碎片整理程序”。
让Win2000系统达到最佳性能(3) 2、选择要检查碎片的卷。
3、单击“分析”并等待消息框显示是否需要进行碎片整理。
4、如果需要进行碎片整理，单击“碎片整理”。
注意 尽管在“磁盘碎片整理程序”对卷进行碎片整理时，可以执行其它任务，但不建议您这样做。这是因为碎片整理过程有可能降低整个系统的响应时间。建议您在计算机完成当天的使用后，运行“磁盘碎片整理程序”。
5、当碎片整理过程完成后，选择下一个要进行碎片整理的卷(如果有其它卷的话)，直至所有卷碎片整理及合并完毕。
了解颜色代码显示图
“磁盘碎片整理”使用颜色代码系统来显示卷中不同文件类型和可用空间的组织情况。碎片文件编为红色，连续文件为蓝色，系统文件(包括 MFT 和页面文件)为绿色，可用空间为白色。显示图上每个颜色块的大小代表每个文件元素在卷中占有空间的多少及其相对位置。
例如，如果所显示的象素行代表 1000 个簇，其中的 51% 为连续，49% 为可用空间，则“磁盘碎片整理程序”将此段显示为表示连续的蓝色。结果隐藏了可用空间，并使显示图上的可用空间总数似乎远小于 Windows 资源管理器所报告的实际数量。但是，磁盘碎片整理成功后，颜色显示将表示出更为准确的磁盘状况，所代表的可用空间数也更为准确。
碎片整理需要磁盘上有足够的空间
如果要进行碎片整理的磁盘中碎片已经非常严重，则该磁盘上可能没有足够的空间来运行碎片整理过程。这是因为在原有簇标记为可用之前，要在碎片整理后的新位置对碎片整理过的文件进行完整备份。
磁盘碎片整理之后，“磁盘碎片整理程序”可能仍会报告： "It is recommended that you defragment this disk."(建议您对该磁盘进行碎片整理。) 这表示磁盘上的可用空间太少，无法有效执行碎片整理程序。此时，应进行如下操作：
.从磁盘中临时删除一些大型文件。
.删除不再需要的文件。
计算所需的可用空间
如上所述，在描述主文件表的扇区中，磁盘的 1/8 分配给 MFT 区域。虽然该区域被标为可用空间，但仅被 Windows 2000 保留为 MFT 专用。当进行碎片整理时，“磁盘碎片整理程序”无法将文件移至 MFT 区域以利用该空间。因此当计算碎片整理的可用空间总数时，必须从 Windows 资源管理器所报告的可用空间中减去 12%。建议使 NTFS 格式磁盘保留有 30% 的可用空间，以确保有足够空间用于有效的碎片整理。