安裝完CVSup這個程式之後，要更新port tree就很簡單了。
CVSup可藉由md5碼來判別，port tree的檔案樹中，哪些是經過修改的，哪些是被刪除的。 並非笨笨的將全部資料捨棄更新。
1.說明
從cvsup安裝可以知道，有數個範例檔案可以參考。
路徑: /usr/share/examples/cvsup/
檔案:
檔案介紹:
cvs-supfile --> 擷取 Main source tree and ports collection
doc-supfile --> 擷取 Document
gnats-supfile --> 擷取 FreeBSD bug database
ports-supfile --> 擷取 Ports collection
stable-supfile --> 擷取 Main source tree
standard-supfile --> 擷取 Main source tree
www-supfile --> 擷取 FreeBSD 官方網頁
其中，要更新port tree很明顯是要用 ports-supfile 這個檔案。
2.修改檔案
檔案名稱: ports-supfile
複製:為了日後使用方便，且維持原有範例不變，將它複製到/usr/之下。
修改: ports-supfile
將預設的站台位置(default host)修改即可。
從原先的: CHANGE_THIS.FreeBSD.org
變更為: freebsd.csie.nctu.edu.tw
3.執行更新
(1)路徑在 /usr 下:
(2)路徑不在 /usr 下:(加上檔案的絕對路徑)
4.更新畫面
更新開始: 可以看到更新的站台、及對方伺服器版本。
更新中: 可以看到有哪些檔案被更新、刪除。
更新完成:
5.更新需求
全部port tree更新:
說明: 若全部更新，則維持ports-all開啟，其餘註解狀態(#)
也就是預設的狀況。
特殊port tree更新:
說明: 針對更新某類型的port tree。
修改: ports-supfile
將原先預設的: ports-all
予以註解。
並將想要更新的port的註解打開。（如:port-shells）（可同時打開數個註解）
6.補充說明
更新時機: 想更新就更新，只要您打算安裝軟體，請務必更新port tree。
若您常常嘗試新軟體，不妨定時更新，
以免到時安裝軟體還要花時間等待port tree更新。