普陀区以境内普陀路而得名。民国34年(1945)在原第十三警区范围内建立第十三行政区，民国36年(1947)改称普陀区，1950年建立普陀区人民政府，后多次调整区划范围成现状。
2000年，撤销白丽路街道、真光路街道、曹安路街道、白玉路街道、东新路街道。
2000年，普陀区辖6个街道、3个镇。根据第五次人口普查数据：全区总人口1051672人。其中：曹杨新村街道 97264人、宜川路街道 99765人、长风新村街道 120675人、长寿路街道 101646人、甘泉路街道 122162人、石泉路街道 119296人、真如镇 133130人、长征镇 124315人、桃浦镇 133419人。
2002年底，普陀区辖6个街道和3个镇，211个居委会和8个村委会。
2003年底，普陀区辖6个街道、3个镇，205个居委会、8个村委会，人口84.53万人，面积54.83平方千米。
2004年9月30日，普陀区辖6个街道、3个镇，206个居委会、8个村委会。
截至2005年12月31日，普陀区辖6个街道、3个镇，215个居委会、8个村委会：长寿路街道、曹杨新村街道、长风新村街道、宜川路街道、甘泉路街道、石泉路街道、真如镇、长征镇、桃浦镇。
2007年末，全区面积54.83平方千米，户籍人口86.29万人，辖6个街道、3个镇：曹杨新村街道、长风新村街道、长寿路街道、甘泉路街道、石泉路街道、宜川路街道、真如镇、长征镇、桃浦镇。共有228个社区、8个行政村。区政府驻大渡河路1668号。